GMDP TP I (29.05.06)

  1. Suivez les indications trouvées sur le site http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin3/ et téléchargez le programme Arlequin afin d'effectuer ces travaux pratiques.

  2. Configurer Arlequin:

    Dans l'onglet Arlequin Configuration, localisez  l'éditeur de texte que vous allez utiliser pour éditer des fichiers de donnée. En principe vous allez utiliser des fichiers que l'on vous aura donné, mais il est possible que vous vouliez les modifier.
     

  3. Passez en revue les fonctionalités d'Arlequin

    1. Chargez un fichier : Par exemple: Example files\DNA\mtDNAHV1.arp

    2. Allez dans l'onglet de Settings, et sélectionnez la ligne General settings dans le panneau de gauche (ARLEQUIN SETTINGS).  Puis, dans le panneau de droite, sélectionnez le bouton Use original settings de l'encadré Haplotype definition.

    3. Sélectionnez la ligne Molecular diversity indices dans le panneau de gauche (ARLEQUIN SETTINGS). Puis dans le panneau de droite cochez les cases Standard diversity indices et Molecular diversity indices.

    4. Consultez le fichier d'aide en sélectionnant Arlequin PDF Manual  dans le menu déroulant Help, si vous avez besoin d'aide sur ces indices. Cela devrait ouvrir un fichier sous Adobe Acrobat reader.

    5. Lancez  les calculs en cliquant sur le bouton Start.

    6. Les résultat de l'analyse seront directement affichés dans votre navigateur web à la fin des calculs. Regardez le nombre de sites polymorphes, la diversité nucléotidique, le nombre moyen de différence par paire.

    7. Allez dans l'onglet de Settings, et sélectionnez la ligne General settings dans le panneau de gauche (ARLEQUIN SETTINGS).  Puis, dans le panneau de droite, sélectionnez le bouton Infer from distance matrix de l'encadré Haplotype definition, et relancez les mêmes calculs.

    8. Voyez l'influence de vos choix sur la diversité génétique (gene diversity) et le nombre d'haplotypes observés.

    9. Allez dans l'onglet de Settings, et sélectionnez la ligne General settings dans le panneau de gauche (ARLEQUIN SETTINGS).   Puis, dans le panneau de droite, modifez la valeur de Allowed missing level per site à 0.2. Cela va conduie à ignorer les sites pour lesquels il y a plus de 20% de données manquantes.

    10. Relancer les mêmes calculs et comparer vos indices de diversité avec les calculs précédents.

    11. Essayez de calculer d'autres indices sur ce fichier de données.