GMDP TP VI (30.05.06)

Test de Ewens-Watterson
Comparaison de la distribution des fréquences alléliques

Téléchargez le fichier beta-globine.arp

Il contient deux échantillons d'haplotypes RFLP dans le cluster des gènes de la b-globine. Le premier échantillon contient des haplotypes associés à la fois b^A, la forme normale de la b-globine, mais aussi un haplotype associé à b^S , la forme drépanocytaire de la  b-globine, qui est léthale à l'état homozygote est qui est vraisemblablement maintenue par sélection balancée dans les populations impaludées d'Afrique sub-Saharienne.

• Faites un test de Ewens-Watterson
  • Après avoir chargé le fichier beta-globin.arp dans Arlequin, sélectionnez la ligne Neutrality tests dans le panneau de gauche de l'onglet Settings. Puis puis cochez la case Ewens-Watterson neutrality tests, et lancez les analyses en cliquant sur le bouton  Start. Extrayez les fréquences alléliques observées et attendues dans le fichier de résultats et faites-en un graphe savec Excel. 
• Interprétez les résultats du test de Ewens-Watterson.
• Le profil des fréquences alléliques est-il compatible avec une forme de sélection balancée?

Test de Tajima et de Fu

Téléchargez le fichier 8_pop_ADNmt.arp

Il contient 8 échantillons testés pour le polymorphisme de la première région hypervariable de l'ADN mitochondrial.

• Avec Arlequin, effectuez des tests de neutralité sélective de Ewens-Watterson, Tajima et Fu. Comparez les résultats des 3 tests pour ces 8 échantillons.
• Effectuez ensuite une analyse de la distribution mismatch sur ces mêmes échantillons. Pour ce faire, sélectionnez la ligne Mismatch distribution du panneau de gauche de l'onglet Settings, puis cochez la case Estimate parameters of demographic expansion dans le panneau de droite.
• Utilisez Excel pour comparer les distributions mismatch observées et attendues. Que vous suggèrent-elles ? Comparez les formes des distributions mismatch avec les résultats du test de Fu. Qu'en concluez-vous ?