GMDP TP VI (30.05.06)
Test de Ewens-Watterson
Comparaison de la distribution des fréquences alléliques
Téléchargez le fichier beta-globine.arp
Il contient deux échantillons d'haplotypes RFLP dans le cluster des gènes
de la b-globine. Le premier échantillon contient des
haplotypes associés à la fois bA, la
forme normale de la b-globine, mais aussi un
haplotype associé à bS , la forme
drépanocytaire de la b-globine, qui est
léthale à l'état homozygote est qui est vraisemblablement maintenue par
sélection balancée dans les populations impaludées d'Afrique sub-Saharienne.
- Faites un test de Ewens-Watterson
- Après avoir chargé le fichier beta-globin.arp dans Arlequin, sélectionnez
la ligne Neutrality tests dans le panneau de gauche de l'onglet
Settings. Puis puis cochez la case Ewens-Watterson neutrality tests,
et lancez les analyses en cliquant sur le bouton Start. Extrayez les fréquences alléliques observées et attendues
dans le fichier de résultats et faites-en un graphe savec
Excel.
- Interprétez les résultats du test de Ewens-Watterson.
- Le profil des fréquences alléliques est-il compatible avec une forme de
sélection balancée?
Test de Tajima et de Fu
Téléchargez le fichier 8_pop_ADNmt.arp
Il contient 8 échantillons testés pour le polymorphisme de la première
région hypervariable de l'ADN mitochondrial.
- Avec Arlequin, effectuez des tests de neutralité sélective de
Ewens-Watterson, Tajima et Fu. Comparez les résultats des 3 tests pour ces
8 échantillons.
- Effectuez ensuite une analyse de la distribution mismatch sur ces mêmes
échantillons. Pour ce faire, sélectionnez la ligne Mismatch distribution
du panneau de gauche de l'onglet Settings, puis cochez la case
Estimate parameters of demographic expansion dans le panneau de droite.
- Utilisez Excel pour comparer les distributions mismatch observées et
attendues. Que
vous suggèrent-elles ? Comparez les formes des distributions mismatch avec
les résultats du test de Fu. Qu'en concluez-vous ?