DICTIONNAIRE
Souche de référence
Souche utilisée pour définir, par comparaison, le phénotype des souches étudiées. Le plus souvent, la souche de référence est une souche de type sauvage. Lexique_pcsm
Pour en savoir plus
Nous touchons là un point de nomenclature très important car la souche de référence constitue l’étalon qui permet de lui comparer d’autres souches.
Historiquement, les comparaisons ont d’abord été faites vis à vis de la souche sauvage c’est à dire d’individus de laboratoire issus d’un prélèvement dans la nature. Cependant, nous avons vu que la règle habituelle des populations naturelles est d’être polymorphes. Parler de souche sauvage n’a donc guère de sens puisqu’il peut en exister autant que de souches constituées à partir d’individus de la nature eux-mêmes différents.
On peut contourner cette difficulté en parlant de souche sauvage de référence , pour bien indiquer que l’on n ‘ est pas dupe de l’absence d’unicité globale des populations naturelles. Il s’agit alors d’une souche constituée à partir d’un échantillonnage effectué par l’expérimentateur dans la nature.
Le mieux est de rechercher la plus grande homogénéité possible en restreignant le nombre de géniteurs: l’idéal est de n’utiliser qu’un couple et de se mettre dans des conditions de consanguinité les plus strictes possibles. La nomenclature la plus simple et la moins porteuse d’erreurs est alors celle qui figure ici: la souche de référence est celle qui, au laboratoire, est homogène et dont sont issues les autres . Cette précaution oratoire est importante, bien souvent . Si elle n’est pas faite dans d’autres ouvrages, cela est dû au poids des habitudes : il faudra avoir ces remarques en tête à chaque fois qu’on lira , dira ou écrira le terme de « souche sauvage ».
Toutes ces remarques sont valables non seulement pour les souches mais aussi pour les séquences polypeptidiques ou nucléiques : cette fois , la variabilité individuelle ne pose plus aucun problème, puisque l’étalon est un seul type de séquence.