Les sondes nucléotidiques (2/2)

Obtention d'une sonde
Il existe plusieurs possibilités pour obtenir une sonde nucléotidique :
- Une sonde oligonucléotidique peut être fabriquée par synthèse chimique, si la séquence de l'ADN à repérer est connue. Si elle est inconnue, on peut étudier la protéine correspondante et remonter grâce au code génétique à la séquence d'ADN. Dans ce dernier cas, le travail est particulièrement laborieux (nombre de codons élevé pour un même acide aminé).
- Une sonde peut être un ADNc. Une partie seulement du ADNc est utilisée (après action d'enzymes de restriction et clonage des fragments obtenus).
- Une sonde peut être théoriquement du mARN.

L'hybridation moléculaire avec la sonde
L'hybridation moléculaire sonde-fragment d'ADN à repérer nécessite des conditions physico-chimiques parfaites (tampon, pH, température, etc..). Ces conditions sont appelées la stringence. Plusieurs facteurs peuvent également intervenir comme la longueur de la sonde et la complémentarité sonde-fragment avec possibilité de mauvais appariements.