Nous citerons parmi les applications de la technique de SOUTHERN :

Exemple 1 :Carte de restriction de l'ADN.
Les enzymes de restriction coupent l'ADN au niveau de séquences parfaitement définies. Il est donc possible d'établir une véritable carte d'un gène donné par la technique de Southern Cette carte porte le nom de carte de restriction.
En pratique, l'ADN à étudier est réparti en différentes fractions. Chaque fraction est traitée par une enzyme de restriction ou un couple d'enzymes de restriction.
Ainsi dans l'illustration ci-dessous :
Dans le puits 1, on dépose l'ADN digéré par Eco RI seule; dans le puits 2, on dépose l'ADN digéré par Hind III seule et dans le puits 3, l'ADN digéré par Eco RI et Hind III. La détection des différents fragments est réalisée à l'aide d'une sonde marquée du gène étudié (voir illustration).


Légende :
(1): Position des coupures par Eco RI.
(2): Position des coupures par Hind III.
(3): Position des coupures par Hind III + Eco RI.

Exemple 2 : Si on dispose de sondes spécifiques du gène à explorer. Mise en évidence des délétions dans un gène ou une zone juxta-génique. L'étendue de la délétion peut être estimée par la détermination de la taille des fragments d'ADN.

Exemple 3 : Comparaison de l'ADN de différents individus avec mise en évidence des polymorphismes de restriction.
En présence de mutation(s) ponctuelle(s) dans des sites de restriction, des variations dans la taille de certains fragments seront observées et ceci par exemple à l'intérieur d'une même population. Ces petites différences entre des individus dans une même population sont appelées de polymorphisme de taille des fragments de restriction (ou RFLP pour " restriction fragment length polymorphism ").

Exemple 4 : Mise en évidence des recombinaisons entre des gènes.