D'autres vecteurs existent avec possibilité de cloner des fragments d'ADN de taille élevée (au moins jusqu'à 500 kb)

Les BAC
(Bacterial Artificial Chromosome)
Peuvent cloner des fragments d'ADN de taille variant de 100 à 200kb.

Les PAC
(P1-derived Artificial Chromosome)
Peuvent cloner des fragments d'ADN de taille variant de 100 à 200kb.

Les YAC
(Yeast Artificial Chromosome : Chromosome artificiel de levure).
Peuvent intégrer des fragments de grande taille (jusqu'à 400kb). Indispensables pour analyser les grands génomes (notamment, le génome humain).
A noter : pour obtenir de grands fragments d'ADN, on utilise des enzymes de restriction qui ne coupent que très rarement.
Inconvénient : les fragments insérés subissent parfois des réarrangements (insertions, chimérismes, délétions) : les YAC ne peuvent être considérés comme absolument représentatifs de la région initiale introduite.