Les enzymes coupant l'adn
 
La DNase
La DNase utilisée au laboratoire est extraite du pancréas de bovin. Il s'agit d'une endonucléase qui coupe l'ADN double brin (mais aussi l'ADN simple brin). Elle conduit à des coupures ou " nicks " tout à fait au hasard, sans reconnaissance d'un site spécifique (ce qui la distingue des enzymes de restriction). On obtient des fragments de tailles variées (ou oligonucléotides) qui possèdent en leur extrémité 5' un groupement phosphate. Cette enzyme est sensible à des ions bivalents (Mg2+ et Mn2+). Elle est utilisée pour des marquages de sondes avec des radioisotopes.
La nucléase S1
Cette enzyme extraite d'un champignon, n'attaque que l'ADN simple brin. Elle n'attaque pas en principe les ADN doubles brins et les hybrides ADN-ARN.
 
Les enzymes assurant la ligature

Les ligases
Les ligases sont capables de lier par une liaison ester un fragment avec un groupement phosphate en 5' et un groupement OH en 3' et ceci en présence d'ATP. Elles peuvent effectuer des ligatures sur des fragments d'ADN avec bouts francs ou des bouts collants (ou extrémités cohésives). Elles sont extraites de bactéries. Il existe ADN et ARN ligases.

Les enzymes enlevant ou ajoutant des groupes phosphates

Enzymes enlevant des groupes phosphates
Ces enzymes sont appelées phosphatases. Les phosphatases alcalines sont actives à pH alcalin. Elles permettent d'enlever le groupement phosphate situé en 5' d'une chaîne d'ADN. Elles sont extraites de bactéries ou d'origine animale (intestins). Elles sont utilisées pour préparer de l'ADN recombinant.

Enzymes ajoutant des groupements phosphates
Les kinases permettent de fixer un groupement phosphate en présence d'ATP. Dans cette molécule d'ATP, le phosphate fixé est celui situé en position gamma (position la plus externe) de la molécule d'ATP. Le groupement phosphate est fixé à l'extrémité 5' d'un ADN préalablement déphosphorylé. Ces kinases sont extraites de bactéries.