Pour le choix de la température d'hybridation il est souvent recommandé de se placer à une température inférieure de 4 - 5°C au Tm du couple d'amorce (si ce Tm est différent pour les 2 amorces, prendre le Tm le plus bas comme point de référence). Une autre approche plus empirique et qui donne souvent de bons résultats avec des amorces >20mers (50% GC) est de choisir comme point de départ une température d'hybridation de 54°C, si des amplifications non spécifiques sont observées augmenter alors par paliers de 2°C la température d'hybridation.
Dans notre exemple, on peut débuter à une température de 49° C puisque l’amorce A a le Tm le plus bas = 53.14° C.

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Document modifié le 7 janvier, 2008