L'hybridation moléculaire in situ sur métaphases colorées (FISH) permet de localiser et d'ordonner directement des sondes correspondant à des gènes, des marqueurs génétiques, etc.
Il est ainsi possible d'établir des cartes cytogénétiques dont la résolution maximale est la bande, soit environ 3 à 10 cM, ce qui implique, dans le meilleur des cas, une résolution d'environ une à trois Mb. En revanche, lorsque cette même technique est appliquée sur chromosomes interphasiques (Rappold et al 1984), la chromatine étant près de 20 fois moins condensée, la résolution peut atteindre 50 à 1000 kb (Trask et al 1989, Lawrence et al 1990).
Une résolution de 10 à 200 kb peut être obtenue en hybridant les sondes directement sur la chromatine extraite des noyaux (l'ADN décondensé forme des boucles autour des restes de matrice cellulaire, donnant l'impression d'un halo). Enfin, une précision de l'ordre de la kb est à présent atteinte avec l'hybridation sur chromosomes étirés (Fiber FISH et peignage moléculaire).
Les segments d'ADN, étirés au point d'atteindre un état double brin relâché, permettent l'hybridation et sont visibles sous microscope. L'utilisation de fluorochromes différents produit une image multicouleur à partir de laquelle il est possible d'orienter, d'ordonner des contigs de YAC, BAC ou cosmides, de mesurer la taille des recouvrements et des trous et donc d'établir une carte fine de la région concernée.


Pour en savoir plus sur les différentes méthodes de cartographie physique :
http://www.pasteur.fr/recherche/unites/biophyadn/f-mapping.html