L'ordonnancement des clones est obtenu par deux voies complémentaires :

• La voie top-down
  (du général vers le particulier). Les marqueurs ordonnés sur les cartes de liaison sont utilisés pour identifier des clones génomiques qui les contiennent (par criblage de banque) et qui s'en trouvent par conséquent immédiatement cartographiés.
• La voie bottom-up
  (du particulier vers le général). Les données de recouvrement local (par comparaison de profils de restriction, hybridation ou PCR) sont utilisés pour identifier les groupes de chevauchements qui dans certains cas peuvent se rejoindre.
  Ceci est utilisé pour les petits génomes et pour les cartes locales chez l'homme, l'ordonnancement est établi entre clones pris deux à deux, de trois manières possibles :
  • Par comparaison des profils de restriction des cartes de restriction de chacun des clones.
    Deux clones chevauchants (recouvrants) présenteront dans ce cas des fragments de restriction (fingerprint) de même taille.
  • Par hybridation
    Deux clones sont partiellement chevauchants si une sonde dérivée de l'un s'hybride sur l'autre.
  • Par un contenu commun en marqueur
    Deux clones sont partiellement chevauchants s'ils contiennent un même marqueur unique. La technique utilisée est le criblage de la banque de clones à étudier : les clones sont testés en PCR avec un marqueur donné (présence : réponse positive ou absence: réponse négative). Par exemple le STS (sequence-tagged site) est un marqueur de choix pour cette cartographie physique.