Les possibilités d'utilisation

Les puces à ADN permettent des tests plus rapides, plus sensibles et plus spécifiques. En évitant certaines étapes préliminaires telle que la culture, cela permet d'obtenir un résultat en quelques heures là où plusieurs jours étaient nécessaires.

• L'analyse de mutations
  A côté de la séquence sauvage (sonde de référence), on utilise plusieurs sondes identiques à une mutation prés. Ces sondes vont couvrir l'ensemble des mutations potentielles (substitution, délétion, addition). De manière générale, l'analyse de substitutions (pour une position donnée) implique donc l'utilisation de quatre sondes, une pour la séquence sauvage et trois pour chacun des nucléotides pouvant se substituer au nucléotide original. Cela permet ainsi de repérer des séquences mutantes dans un échantillon test.
  
• Le séquençage par hybridation
  L'analyse procède par lecture de petits blocs. L'analyse porte sur des sous-séquences chevauchantes qui sont lues et réassemblées au moyen d'un programme informatique qui reconstitue la séquence étudiée.
• Le diagnostic des maladies génétiques
  Les immuno-essais (hormone et cancer), en microbiologie (antigènes/anticorps), les facteurs aggravants des maladies cardio-vasculaires et du vieillissement. Etude d'oncogènes spécifiques.
• Le diagnostic des maladies infectieuses
  Détection de microorganismes (présence, mutations, capacité à résister à certains antibiotiques ou à des inhibiteurs d'enzymes).
• La pharmacogénomique
  Identification de cibles pour la recherche thérapeutique.
• La toxicogénomique
  Dans le cas de l'analyse de la réponse toxicologique à l'aide de puces à ADN, on doit au départ faire l'hypothèse que l'effet toxicologique, direct ou indirect, d'une substance résulte de la modification de l'expression de certains gènes, ou du moins qu'il lui est associé.
  Les mesures consistent alors à évaluer l'expression différentielle de gènes de deux échantillons, grâce à un marquage par fluorescence en deux couleurs (une par échantillon). Cela permet de comparer les profils d'expression génique de deux tissus différents (normal/pathologique ou traité/non traité par une substance).
• L'agro-alimentaire
  Contrôle des microorganismes utilisés dans certaines fabrication (ferments lactiques, levures, mycélium, etc...), détection des séquences provenant d'organismes génétiquement modifiés (OGM) dans les semences ou dans certains aliments, détection d'agents infectieux dans l'alimentation comme la Salmonelle ou la Listeria.
• L'environnement
  Analyse bactérienne de l'eau de consommation, détection des agents infectieux dans l'alimentation, l'air ou l'eau (Salmonella, Listeria, Legionnella).