Analyse bioinformatique des séquences

4. - La manipulation des données

4.3 - Les outils de conversion de formats [Suite]

 


> ConvSeq

Ce programme génère un fichier formaté de séquences à partir de séquences de banques désignées par leur identificateur ou leur numéro d'accession. Les formats de sortie possibles sont ceux autorisés par le programme Readseq.
Exemple de fichier d'entrée que l'on peut soumettre à CONVSEQ :

GENBANK:STRABP 15 328
GENBANK:SSALB r
GENBANK:A06977
EMBL:HSALBG


> Programmes GCG de conversion de formats

GCG propose des commandes spécifiques de conversion selon les formats donnés en entrée et souhaités en sortie : :
Format GCG ---> Autre format

tostaden
tofasta
toig
topir

Format donné ---> format GCG

fromstaden
fromfasta
frompir
fromgenbank
fromembl
fromig