Analyse bioinformatique des séquences

5. - La comparaison de séquences
5.6 - Le logiciel FASTA

Les principaux paramètres

Tous les programmes sont paramétrables. Ces paramètres sont d'autant plus importants qu'ils permettent d'agir sur la vitesse de calcul, la qualité et la présentation des résultats. Ils sont le reflet d'une certaine modélisation du vivant et leur connaissance est indispensable pour l'interprétation des résultats.

Les valeurs par défaut
Ce sont les valeurs utilisées dans le logiciel où aucune modification explicite n'est demandée.
Taille des mots
    ADN : ktup = 6
    Protéine : ktup = 2
Coûts de substitution
    ADN : +5 / -4
    Protéine : matrice Blosum50
Coûts des gaps
    ADN : -16 / -4
    Protéine : -12 / -2

Influence de la modification des paramètres sur les résultats
    ktup faible ==> bonne sensibilité et temps de calcul long
    ktup élevé ==> rapide mais peu sensible