Analyse
bioinformatique des séquences
S'exercer avec TFSearch
> Connectez vous à
http://biotools.umassmed.edu/cgi-bin/biobin/tfscan
.
> Ce logiciel permet de rechercher si votre séquence contient des motifs consensus caractéristiques de sites de fixation de facteurs de transcription. Ces motifs sont définis
dans la banque TRANSFAC.
> Copiez/collez la séquence suivante dans le cadre sans
la ligne de commentaires :
>gi 22123 emb X04049.1 ZMADH1SA Maize alcohol dehydrogenase 1 gene (Adh1-1S)
GGATCCAAACAGTCACTTAGGATATGTTTGGAAGCACACCGACATGTTTGGAAGCACACAGTTTTAAAAA
ACTATTTTCTATCCTCACTTTCTTGAAAATGTTTTATGAAAAAAATTGGGTGGGGTGTTTGGAACCTAGT
TTCTAGTTTTTTTATAAGGAGAGTAGCTTCTTGGTTTTAGTTAGGAGAGAGTAGCTTCTTGATTTTTAAG
AAACTAAGAATCCAGTTTCTATAAACTGAGACATAAACAAGTATATTTGGAATCACTCTAGTTTGTACAA
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AGAAACTGTTTTAAAAAACTGGTGTGCTTCTGTTTTAACTCTTCGTAAGAACAGTGGTACTGCCCGTGTC
TATATTAACTCTTCTGTTTAAAGCCAACATGACATGCTTGCGTGCGGTGAAAATGTGAAATGCCATCGCT
GTGCTACAACTTTTCGGCTCCCTCCTGCTTCGGTGCTTCCATATGCCCCTGCACGGCGTCTAGAAATCCT
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TCCACACACGCGCGCGCTCCGAGCCGCAGATCCGAGCTAGCGCAGGCGCATCCGACGGCCACGACAGCGT
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AAACCACGTCCACGGACCACGGCTATGTTCCACTCCAGGTGGAGCTGCAGCCCCGGTTTCGCAAGCCGCG
CACGTGGTTTGCTTGCCCACAGGCGGCCAAACCGCACCCTCCTTCCCGTCGTTTCCCATCTCTTCCTCCT
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TTGGTTTCGTAACTGGTGAAGGACTGAGGGTCTCGGAGTGGATGATTTGGGATTCTGTTCGAAGATTTGC
GGAGGGGGGCAATGGCGACCGCGGGGAAGGTGATCAAGTGCAAAGGTCCGCCTTGTTTCTCCTCTGTCTC
TTGATCTGACTAATCTTGGTTTATGATTCGTTGAGTAATTTTGGGGAAAGCTTCGTCCACAGTTTTTTTT
TCGATGAACAGTGCCGCAGTGGCGCTGATCTTGTATGCTATCCTGCAATCGTGGTGAACTTATGTCTTTT
ATATCCTTCACTACCATGAAAAGACTAGTAATCTTTCTCGATGTAACATCGTCCAGCACTGCTATTACCG
TGTGGTCCATCCGACAGTCTGGCTGAACACATCATACGATATTGAGCAAAGATCTATCTTCCCTGTTCTT
TAATGAAAGACGTCATTTTCATCAGTATGATCTAAGAATGTTGCAACTTGCAAGGAGGCGTTTCTTTCTT
TGAATTTAACTAACTCGTTGAGTGGCCCTGTTTCTCGGACGTAAGGCCTTTGCTGCTCCACACATGTCCA
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CTTCTGGGAGGCCAAGGTATCTAATCAGCCATCCCATTTGTGATCTTTGTCAGTAGATATGATACAACAA
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CTGTGTTTATATTTTACATATTTATTATGTTTTTGCGTCTGAATTTATGGGTATGGTTGGTGGTCTTTGT
TTACTGTTTTACTAGATGCATGTGGAAGAGTCAGAAGAAATAGTTTTTGTTTGAAATGGTATACCAACGG
TTGGATATTATATTATCTGTGTGGACATCAGATGTTCTGGGTTACTGGCAGTGGACTTTGACAGATTTAT
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GGAAGCCTATCTACCACTTTGTTGGGACTTCCACCTTCAGCGAGTACACCGTCATGCATGTCGGTTGTGT
TGCAAAGATCAACCCTCAGGCTCCCCTTGATAAAGTTTGCGTCCTTAGCTGTGGTATTTCTACTGGTAAG
TTCAATTACTACATTTTGGTGTGGATGCTGGAGTACATTTATCTTGAGATGCTGAGTTACACAAATTCTT
TCTCTGTTTAGGTCTTGGTGCATCAATTAATGTTGCAAAACCTCCGAAGGGTTCGACAGTGGCTGTTTTC
GGTTTAGGAGCCGTTGGTCTTGCCGTAAGTGTTGAAACGATTTGCTTGTTCTATGACATTTCAATTGCAA
TGAGAATGTGTGTTGGGTTTGCATCTGATTACCCTGCGCATGGTTAAGGCTGCAGAAGGTGCAAGGATTG
CTGGAGCGTCAAGGATCATTGGTGTCGACCTGAACCCCAGCAGATTCGAAGAAGGTACAGTACACACACA
TGTATATATGTATGATGTATCCCTTCGATCGAAGGCATGCCTTGGTATAATCACTGAGTAGTCATTTTAT
TACTTTGTTTTGACAAGTCAGTAGTTCATCCATTTGTCCCATTTTTTCAGCTTGGAAGTTTGGTTGCACT
GGCACTTGGTCTAATAACTGAGTAGTCATTTTATTACGTTGTTTCGACAAGTCAGTAGCTCATCCATCTG
TCCCATTTTTTCAGCTAGGAAGTTTGGTTGCACTGGCCTTGGACTAATAACTGATTAGTCATTTTATTAC
ATTGTTTCGACAAGTCAGTAGCTCATCCATCTGTCCCATTTTTCAGCTAGGAAGTTCGGTTGCACTGAAT
TTGTGAACCCAAAAGACCACAACAAGCCGGTGCAGGAGGTCTGTTTCTTTACCCAAGGCAACAAAAGGTT
ATCACAGCTTATGCTGAACTTGGCCATAACATTCAATAATTCCTTTATGGTCTAGGTACTTGCTGAGATG
ACCAACGGAGGGGTCGACCGCAGCGTGGAATGCACTGGCAACATCAATGCTATGATCCAAGC8 janvier, 2008AGGTTCCCTTCATCCAGACA
TGCATGTTCTAACCGCCGCCCTCGTGATCCAGGGCTGGGGTGTTGCCGTGCTGGTGGGTGTGCCGCATAA
GGACGCTGAGTTCAAGACCCACCCGATGAACTTCCTGAACGAAAGGACCCTGAAGGGGACCTTCTTTGGC
AACTATAAGCCACGCACTGATCTGCCAAATGTGGTGGAGCTGTACATGAAAAAGGTAAATTGCAAAGTGC
TGTTCCTTCAGTTTCCTTACCTGCCGAGCTTTTGCTGAAAAACTGTTAAGAATCGTTCCTGCAATTCTGC
ACAGGAGCTGGAGGTGGAGAAGTTCATCACGCACAGCGTCCCGTTCGCGGAGATCAACAAGGCGTTCAAC
CTGATGGCCAAGGGGGAGGGCATCCGCTGCATCATCCGCATGGAGAACTAGATTTCGCTGTCTAGTTTGT
GATCTGGCCTGGGCTTGGGGTTAATAAAGGAGGCAATGCTAGCCTGCCCTTTCGATGAGGAGGTACATAC
ACGCTGGCGATGGACCGCGCTTGTGTGTCGCGTTCAGTTTGGCTTTTGCCAAGCAGTAGGGTAGCTTCCC
GTGTCGGTAATTATATGGTATGAACCATCACCTTTTGGCGCAATACATGGTATGAACGTAAGATACAAAT
TCCAACTACCTCTAGCTCGCCGCTATCTGTATCAGTATGTATCTCTCTCGACGGATGACACAAGATCGAA
GAAGCAAATAACTAACTACACCTCGCTCCTATATCCGAAGTGAAACTAAAAGGAGAAGGAAAAGAAGGTA
ACAGAATAGGAACCGGTTTGATGAGAATCGGTTTGATGAGAATTGGAGAGGATTCATGAGAGAGAAAATC
CCTTTCCATTAAATTTTAAATAGCAAGTGAATTACTCTCATGATCTCCTCCAGTTTCCATTTCATCAAAA
CAAACCTTATTCATTTTCCCCTCTAATCTCTTAATTCTCTTGTCACCACCGGGAGCAAGGTGATTAAGGA
GACTAAAACCCTTCATCATTTAATGAATAGTAAGGGTTTTAGCCCTCTCAATTTCTCCAATACCTTGCTC
CCAAATAAATCCCTAAGAGCCGAGGAAGGGGATTAAAAAGGATAAAATCTTCTTTGTGTTCAATTTTGAA
TAGGACTCGCCGTATCGGTAAGGCTTCGCGGCGGGGCTCGCAGTCCGGACTGACGAGGGGGCTATGGAGA
TGGAGAATGACAAGGGGGCTGTTCTGGAAAGTTTCCTTTCCAAGAGTAAGGGTGGTTGGTTTCATACACT
AATTTTTAAGAACGTTTGGTTAAGAAACAGAGAAAAATAGAGTAACTCTATTCTTATTTTATTTTTTGAT
GTTTAGTTTTCAATAAAAAAGAGCACATTTGGAGTTTTCATATAAAAATTTATCATAAATAGTTAAAATG
CTCTCACTCCATAAAAACAATCGGATACTAGCGCTCTCCTTCCTATCCTACCCTCTATGCTCATATTGGC
TCTTCAACCGAAGAGAGAATGGAGGGGCTCCGTTCATTCACTCTTCAACCAAATAAAAAAGGAGCGACTA
TGTTCAGTTTGTCATACGCGGAATAGAACGGCTCTATCCTAAAAAACTAGAATAGAACCCCTCCATTTTA
GTTGACTCTCCAACCAAACGCATAGTCTCTCCATTCCATTCTATTTTAGTCTCTAAATTGACAAATACAT
AAACTAAATTGTATTTTAAGTTTTCGTATTTAATCAATCACTACAAACCAAACACTCCCTAATTTCGCAT
ATCAGCCCCAAATCAAGAGTGGTTGACCCATCGAGACGTTATCGCCGGATCAAAGGCATGCCCCGCTAAG
GCCTAGTTTGGATACTCTTGGATTGAAGTGGTTTGGAGGGATTAGAGGGTATTTAAATCCCCAATAGGTC
AAAAACTCTCACGATACATCTCAATCCACTCCATTCCCTCTTATTCCTAGAGTACCCAAACAAGCCTAAG
GCCTAGTTTGGATACTCTTGGATTGAAGTGGTTTGGAGGGATTAGAGGGTATTTAAATCCCCAATAGGTC
AAAAACTCTCACGATACATCTCAATCCACTCCATTCCCTCTTATTCCTAGAGTACCCAAACAAGCCTAAG
TGTCTAAACTAACGTGCCGTCGAC
> Faites une recherche sur les sites de la banque version plante
et en autorisant aucun mismatch (aucune erreur). Consultez la liste des
sites trouvés qui apparaissent en dessous après avoir cliqué sur
GO.
> Vous devez retrouver les sites caractéristiques des alcool-dehydrogénases du maïs.
MAIZE$ADH1_04 996-1004 [CCCACAGGC] MAIZE$ADH1_03 3664-3668 [CGTGG] MAIZE$ADH1_03 1380-1384 [CGTGG] MAIZE$ADH1_03 983-987 [CGTGG] MAIZE$ADH1_02 961-966 [CCCCGG] MAIZE$ADH1_01 3664-3668 [CGTGG] MAIZE$ADH1_01 1380-1384 [CGTGG] MAIZE$ADH1_01 983-987 [CGTGG]
