Analyse bioinformatique des séquences

Analyse bioinformatique des séquences

Exercice avec Prodom et Blast

> Connectez vous à http://prodom.prabi.fr/prodom/current/html/form.php

> Copiez/collez la séquence suivante sans la ligne de commentaires :

>gi 92 alpha-S1-casein
MKLLILTCLVAVALARPKHPIKHQGLPQEVLNENLLRFFVAPFPEVFGKEKVNELSKDIGSESTEDQAME
DIKQMEAESISSSEEIVPNSVEQKHIQKEDVPSERYLGYLEQLLRLKKYKVPQLEIVPNSAEERLHSMKE
GIHAQQKEPMIGVNQELAYFYPELFRQFYQLDAYPSGAWYYVPLGTQYTDAPSFSDIPNPIGSENSEKTT
MPLW

> Soumettez la requête en laissant les autres paramètres par défaut.

> Cliquez par exemple sur le domaine orange pour obtenir la liste de toutes les protéines possédant aussi ce domaine. On retrouve évidemment les caséines S1 de divers organismes lorsque vous cliquez sur family alignment.

Document modifié, le 13 septembre, 2007

Xt_i += 'src="http://logv28.xiti.com/hit.xiti?'+Xt_param; Xt_i += '&hl='+Xt_h.getHours()+'x'+Xt_h.getMinutes()+'x'+Xt_h.getSeconds(); if(parseFloat(navigator.appVersion)>=4) {Xt_s=screen;Xt_i+='&r='+Xt_s.width+'x'+Xt_s.height+'x'+Xt_s.pixelDepth+'x'+Xt_s.colorDepth;} document.write(Xt_i+'&ref='+Xt_r.replace(/[<>"]/g, '').replace(/&/g, '$')+'" title="Internet Audience">'); //-->