Analyse bioinformatique des séquences

8. - La phylogénie

8.1 - Méthodes de reconstruction à partir de séquences

 
  Ces méthodes, comme cela vient d'être dit, tentent de suggérer un arbre phylogénétique.
Chaque nud d'un arbre est une estimation de l'ancêtre des éléments inclus. Il faut toujours garder à l'esprit que l'on obtient toujours seulement une estimation de l'arbre. Cela revient à dire qu'en pratique les arbres sont imparfaits et que leur précision doit toujours être statistiquement établie.


Principe de base de toutes les méthodes
On dispose d'un ensemble de séquences. Les différentes étapes sont :
1) Aligner proprement les séquences
2) Appliquer des méthodes de génération d'arbres
3) Evaluer statistiquement la robustesse des arbres.


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Document modifié, le 21 novembre, 2006

8 janvier, 2008