Choix du programme
Il dépend :
1) de la nature des données
2) des suppositions biologiques et choix de l'algorithme
3) du type de résultats attendus

Les logiciels
Alignement multiple des séquences 
ClustalW, MultiAlin,…
Méthodes de génération d'arbres
 méthode de parcimonie
     > protpars pour les protéines
     > dnapars pour ADN/ARN
 méthode de vraisemblance
     > Dnaml pour ARN/ADN
     > fastDnaml plus rapide (et intégré dans le package Phylo_win)
 méthode des distances
     > fitch Matrice de distances
       (dans Fitch les segments ne sont pas proportionnels au temps écoulé)
     > kitsch Matrice de distances
     > neighbor Neighbor-joining (NJ) et UPGMA
       NJ est probablement la meilleure méthode et la plus simple à utiliser.
     > prodist (ou nucdist), puis neighbor
Représentation graphique de l'arbre
     Les programmes drawgram, drawplot (PHYLIP) , njplot (Mac, PC ou Unix)
     treetool (Xwindow) ou growtree (GCG) permettent des représentations graphiques.
Evaluation de l'arbre
     Seqboot