GMDP TP V (30.05.06)

Dérive génétique et migration

Utilisez l'applet http://darwin.eeb.uconn.edu/simulations/drift-migration.html
pour visualiser l'effet des migrations dans une population subdivisée en île. 
  1. Comment évoluent les fréquences alléliques par rapport à une seule population panmictique?
  2. Vérifiez que la valeur observée du FST est bien proche de sa valeur attendue pour différentes valeurs  de N et de m. 

Effet Wahlund

Utilisez l'applet http://darwin.eeb.uconn.edu/simulations/wahlund.html
pour étudier l'effet Wahlund.

Laisser le coefficient de consaguinité f à zéro pour commencer.

  1. Vérifiez que le déficit observé d'hétérozygotes dans la population subdivisée est correctement calculé par l'applet en fonction des fréquences alléliques dans les différentes subdivisions.
  2. Vérifiez aussi que la valeur de FST est correcte pour différents jeux de fréquences alléliques dans les subdivisions
  3. Vérifiez que le déficit d'hétérozygotes peut bien être exprimé en fonction de FST  comme

  1. Vérifiez que les relations entre les 3 statistique F sont correctes lorsque le coefficient de consanguinité f est différent de 0.

Calcul du degré de subdivision des populations humaines par le logiciel Arlequin

Lancez Arlequin

Chargez le projet amovahap.arp se trouvant dans le sous-répertoire Example Files/AMOVA du répertoire où vous avez installé Arlequin.
Editez le projet. Il doit contenir la description de la diversité en RFLP de l'ADN mitochondrial de 10 populations humaines, situées dans 5 régions géographiques: Europe, Afrique, Moyen-Orient, Asie et Amétique.

Comme l'ADN mitochondrial est haploide, on ne considère pas la subdivision des gènes à l'intérieur des individus, mais on considère un niveau de subdivision supérieur aux dèmes, qui sont des groupes de dèmes. Arlequin permet de calculer des composants de variance et des corrélations qui tiennent compte de ce niveau additinnel de subdivision de l'espèce humaine. On caclulera ainsi le composant de variance dû aux différences entres dèmes à l'intérieur des groupes et le composant de variance du aux différences entre groupes.

  1. Calculez avec Arlequin les valeurs de statistiques F associées à ces nouveaux composants, respectivement FSC et FCT,  ainsi que FST. Pour cela effectuez une analyse AMOVA (analyse de variance moléculaire) accessible en cliquant sur la ligne AMOVA du panneau de gauche de l'onglet Settings. Cochez la case AMOVA Computations du panneau de droite.
  2. Interprétez les valeurs de ces statistiques ainsi que celles des composants de variance. Qu'en déduisez-vous sur la structuration des populations humaines?

Dérive génétique avec des mutations et des migrations dans un modèle en île

Vérifiez que la valeur attendue de FST  dans un modèle en île et présence de mutation et de migration est égal à