Séquences d'adn reconnues par les enzymes de restriction
Les séquences de nucléotides reconnues par les enzymes de restriction sont habituellement des séquences dites palindromiques. Les séquences palindromiques sont des séquences où la succession des nucléotides lue dans le sens 5'à3' (gauche-droite) pour le premier brin est identique à la séquence lue dans le sens droite-gauche pour le second brin (sens 5'à3'). Ces séquences palindromiques sont le plus souvent constituées de 4, 5 ou 6 paires de bases.
Il faut remarquer que dans les ADN, on rencontre statistiquement des séquences reconnues par des enzymes de restriction. Ainsi, la séquence GATC reconnue par l'enzyme Mbo I est présente avec une fréquence statistique de 1 / 256 paires de bases (1/ 44).
En effet, la fréquence de coupure d'un ADN par une enzyme de restriction donnée peut être approchée statistiquement en considérant le nombre de nucléotides de la séquence spécifique reconnue par l'enzyme. Ainsi, par exemple, dans la séquence de six nucléotides: GGATCC reconnue par l'enzyme Bam HI, on aura donc une fréquence de coupure statistique de 1 / 46, soit 1 coupure tous les 4096 nucléotides.
 
Origine des enzymes de restriction
Les enzymes de restriction sont extraites de micro-organismes, le plus souvent des bactéries. Les bactéries peuvent être parasitées par des virus à ADN. Les bactéries fabriquent des enzymes de restriction qui sont capables de cliver les ADN étrangers. Pour éviter une auto-destruction de leur propre ADN, elles se protègent contre leurs propres enzymes de restriction par une modification des sites de restriction correspondants.