Analyse bioinformatique des séquences

1. - Introduction
1.2 - Qu'est-ce que la Bioinformatique ?
 

   La bioinformatique est constituée par l'ensemble des concepts et des techniques nécessaires à l'interprétation de l'information génétique (séquences) et structurale (repliement 3-D). C'est le décryptage de la 'bio-information' ('Computational Biology' en anglais). La bioinformatique est donc une branche théorique de la Biologie. Son but, comme tout volet théorique d'une discipline, est d'effectuer la synthèse des données disponibles (à l'aide de modèles et de théories), d'énoncer des hypothèses généralisatrices (ex. : comment les protéines se replient ou comment les espèces évoluent), et de formuler des prédictions (ex. : localiser ou prédire la fonction d'un gène).

   Depuis son origine, la Bioinformatique a accompagné et/ou précédé l'acquisition de l'information génétique. Elle n'est donc pas un 'produit' de la génomique mais, comme la biologie moléculaire, elle en est un domaine fondateur. La bioinformatique a aussi accompagné et encouragé l'utilisation des ordinateurs en biologie depuis leur origine. La bioinformatique n'est pas pour autant dérivée de la 'science' informatique ; elle n'est (comme l'aéronautique, la banque ou la physique) qu'utilisatrice des ordinateurs et de leurs langages.

   Un véritable 'bioinformaticien' n'est donc pas le simple croisement d'un biologiste et d'un informaticien (pas plus qu'un neurochirurgien n'est celui d'un psychiatre et d'un anatomiste). Il manipule et conçoit des notions originales et doit être familier avec certains domaines mathématiques liés à l'origine de l'informatique (théorie de l'information, théorie des graphes, probabilités et processus stochastiques). En statistiques, par exemple, la bioinformatique a contribué à l'essor de l'approche bayésienne et à celle de l'analyse des valeurs extrêmes.

   Le suffixe 'Informatique' doit donc être compris comme renvoyant à l'interprétation de 'l'information' biologique, et non pas à l'utilisation de l'ordinateur. Le bioinformaticien qui formule des prédictions fonctionnelles ou structurales, joue ainsi un rôle croissant dans l'argumentaire des demandes de brevets (ex : 'ce gène partage tel motif avec tel autre, a donc telle fonction probable, et peut donc être à la base de telle application pharmacologique').