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Analyse
bioinformatique des séquences
En savoir plus sur la banque IMD IMD (Information Matrix Database) Cette base de motifs est construite à partir de sites de facteurs de transcription trouvés dans les bases TFD (Ghosh, 1993) et TRANSFAC (Knüppel et al., 1994) ou à partir de données issues directement de publications. Durant la construction de cette base, les auteurs (Chen et al., 1995) ont pris un soin particulier pour identifier les multiples représentations d'un même site de fixation protéique et pour regrouper tous les motifs correspondant au même facteur de transcription. Lorsque pour un site, un nombre suffisant de représentants est connu, les motifs sont utilisés pour établir une matrice de fréquences ou de pondération (weight matrix) qui donne la chance d'apparition pour chaque nucléotide de se trouver à une position déterminée. Cette base contient actuellement 532 matrices regroupant sept classes d'organismes différents auxquelles sont associées les références bibliographiques correspondantes. Un exemple de l'information contenue dans cette base est donné ci-dessous : |
