Analyse bioinformatique des séquences

3. - Les banques et bases de séquences biologiques
3.1 - Introduction
 

Il existe un grand nombre de bases de données d'intérêt biologique. Nous nous limiterons ici à une présentation des principales banques de données publiques, basées sur la structure primaire des séquences, qui sont largement utilisées dans l'analyse informatique des séquences.

Nous distinguerons deux types de banques, celles qui correspondent à une collecte des données la plus exhaustive possible et qui offrent finalement un ensemble plutôt hétérogène d'informations et celles qui correspondent à des données plus homogènes établies autour d'une thématique et qui offrent une valeur ajoutée à partir d'une technique particulière ou d'un intérêt suscité par un groupe d'individus.

En biologie, il est fréquent d'appeler les premières "banques de données" et les secondes "bases de données", mais cette distinction n'est pas universelle en dehors du domaine biologique. Aussi, pour éviter toute confusion sémantique nous parlerons ici de banques de données ou bases de données généralistes (pour les premières) et spécialisées (pour les secondes).