Analyse bioinformatique des séquences

3. - Les banques et bases de séquences biologiques
3.4 - Les banques spécialisées - Généralités
 

Pour des besoins spécifiques liés à l'activité d'un groupe de personnes, ou encore par compilations bibliographiques, de nombreuses bases de données spécifiques ont été créées au sein des laboratoires. Certaines ont continué d'être développées, d'autres n'ont pas été mises à jour et ont disparu car elles correspondaient à un besoin ponctuel. D'autres enfin sont inconnues ou mal connues et attendent qu'on les exploite davantage.

Toutes ces bases de données spécialisées sont d'intérêt très divers et la masse des données qu'elles représentent peut varier considérablement d'une base à une autre. Elles ont pour but de recenser des familles de séquences autour de caractéristiques biologiques précises comme les signaux de régulation, les promoteurs de gènes, les signatures peptidiques ou les gènes identiques issus d'espèces différentes.

Elle peuvent aussi regrouper des classes spécifiques de séquences comme les vecteurs de clonage, les enzymes de restriction, ou toutes les séquences d'un même génome.

En fait très souvent ces bases correspondent à des améliorations ou à des regroupements par rapport aux données issues des bases généralistes. Pour illustrer ce type de banque, nous parlerons ici de bases spécialisées liées aux motifs qui sont particulièrement utilisées dans l'analyse des séquences.