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Les séquences sont stockées en général sous forme de fichiers texte qui peuvent être soit des fichiers personnels (présents dans un espace personnel), soit des fichiers publics (séquences des banques) accessibles par des programmes interfaces (tels que SRS, GCG, Acnuc).
Le format correspond à l'ensemble des règles (contraintes) de présentation auxquelles sont soumises la ou les séquences dans un fichier donné. Ainsi, le format permet donc :
> une mise en forme automatisée,
> le stockage homogène de l'information,
> le traitement informatique ultérieur de l'information. Pour lire et traiter les séquences, les logiciels d'analyse autorisent un ou plusieurs formats des données.
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