Analyse
bioinformatique des séquences
5. - La comparaison de séquences
5.5 - Les principaux logiciels et programmes de comparaison avec les
bandes de séquences
5.5.3 - L'estimation statistique des résultats [suite]
Conclusion
Toutes ces méthodes montrent finalement que le problème de la signification mathématique des similitudes que l'on peut observer entre séquences biologiques est un élément important mais complexe, qui n'est pas encore clairement résolu mathématiquement. Il est vrai que cette signification dépend de nombreux critères eux même complexes comme par exemple l'algorithme utilisé et son paramétrage ou le système de score employé.
C'est pourquoi, il faut prendre toutes ces évaluations statistiques avec prudence, car de toute évidence, la signification statistique ne reflète pas forcément la signification biologique et inversement. Une des raisons principale est sans doute que les comparaisons se font essentiellement au niveau des séquences primaires. Or, on sait par exemple, qu'il existe des protéines dont la structure tridimensionnelle se superpose très bien et dont les séquences primaires n'ont pas de ressemblances significatives (Creighton, 1984). On peut donc penser que la détermination croissante de la structure 3D des molécules va permettre d'apporter d'avantage de connaissances qui pourront être incorporées dans les études de comparaison de séquences.
Finalement, pour le moment il n'existe pas vraiment d'outils mathématiques fiables car on ne possède pas encore de modèle qui exprime réellement l'ensemble des paramètres à considérer dans les ressemblances biologiques des séquences. Quand les séquences sont très éloignées ou très apparentées, il est possible d'obtenir une conclusion avec les outils mathématiques mis à notre disposition. Par contre, il subsiste souvent une zone d'ombre pour laquelle seule la connaissance et la pratique courante des outils informatiques, en corrélation avec les connaissances biologiques, peuvent permettre de déceler une situation intéressante.
