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Analyse
bioinformatique des séquences
5. - La comparaison de séquences
5.6 - Le logiciel FASTA
L'algorithme est basé sur l'identification rapide des zones d'identité entre la séquence recherchée et les séquences de la banque. Cette reconnaissance est primordiale car elle permet de considérer uniquement les séquences présentant une région de forte similitude avec la séquence recherchée. On peut ensuite, à partir de la meilleure zone de ressemblance, appliquer localement à ces séquences un algorithme d'alignement optimal. Le logiciel regroupe en fait deux programmes de recherche avec les banques de données. Le premier est le programme FASTA qui possède une version nucléique et protéique et le deuxième est le programme TFASTA qui recherche une séquence protéique avec les séquences d'une base nucléique traduite dans les 6 phases.
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