Analyse
bioinformatique des séquences
5. - La comparaison de séquences
5.6 - Le logiciel BLAST
Les principaux paramètres
Les valeurs par défaut
Taille des mots
ADN : W = 12
Protéine : W = 3
Coût de substitution
ADN : Match/Mismatch M=+5/N=-4
Protéine : matrice Blosum 62
Coût des gaps (à partir de la version 2.0) :
E =10 et S calculé
L'influence de la modification des paramètres sur les résultats
Exemple de la modification de W
W faible ==> bonne sensibilité et temps de calcul
long
W élevé ==> rapide mais peu sensible
