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Analyse
bioinformatique des séquences
S'exercer avec PRSS > Connectez vous à http://www.ch.embnet.org/software/PRSS_form.html. > Copiez/collez la séquence suivante dans le 1er cadre sans les lignes de commentaires : >sp P21170 SPEA_ECOLI BIOSYNTHETIC ARGININE DECARBOXYLASE (EC 4.1.1.19) (ADC) - Escherichia coli. MSDDMSMGLPSSAGEHGVLRSMQEVAMSSQEASKMLRTYNIAWWGNNYYD VNELGHISVCPDPDVPEARVDLAQLVKTREAQGQRLPALFCFPQILQHRL RSINAAFKRARESYGYNGDYFLVYPIKVNQHRRVIESLIHSGEPLGLEAG SKAELMAVLAHAGMTRSVIVCNGYKDREYIRLALIGEKMGHKVYLVIEKM SEIAIVLDEAERLNVVPRLGVRARLRSQGSGKWQSSGGEKSKFGLAATQV LQLVETLREAGRLDSLQLLHFHLGSQMANIRDIATGVRESARFYVELHKL GVNIQCFDVGGGLGVDYEGTRSQSDCSVNYGLNEYANNIIWAIGDACEEN GLPHPTVITESGRAVTAHHTVLVSNIIGVERNEYTVPTAPAEDAPRALQS MWETWQEMHEPGTRRSLREWLHDSQMDLHDIHIGYSSGIFSLQERAWAEQ LYLSMCHEVQKQLDPQNRAHRPIIDELQERMADKMYVNFSLFQSMPDAWG IDQLFPVLPLEGLDQVPERRAVLLDITCDSDGAIDHYIDGDGIATTMPMP EYDPENPPMLGFFMVGAYQEILGNMHNLFGDTEAVDVFVFPDGSVEVELS DEGDTVADMLQYVQLDPKTLLTQFRDQVKKTDLDAELQQQFLEEFEAGLY GYTYLEDE > Copiez/collez la séquence suivante dans le 2ème cadre sans les lignes de commentaires : sp P49726 SPE1_LYCES ARGININE DECARBOXYLASE (EC 4.1.1.19) (ARGDC) (ADC) - Lycopersicon esculentum (Tomato). MPLVVRFPDVLKNRLETLQSAFDMAINSQGYEAHYQGVYPVKCNQDRFVV EDIVKFGSPYRFGLEAGSKPELLLAMNCLSKGSADALLVCNGFKDTEYIS LALVARKLLLNSVIVLEQEEELDLVIDISRKMSVRPVIGLRAKLRTKHSG HFGSTSGEKGKFGLTTTQILRVVKKLDESGMLDCLQLLHFHIGSQIPTTE LLADGVGEATQIYSELVRLGAGMKFIDIGGGLGIDYDGSKSSNSDVSVCY SIEEYASAVVQAVLYVCDRKGGKHPVICSESGRAIVSHHSILIFEAVSAS TSHVSTQPSSGGLQSLVETLNEDARADYRNLSAAAVRGEYDTCLIYSDQL KQRCVEQFKDGSLDIEQLAAVDSICDWVSKAIGVADPVRTYHVNLSVFTS IPDFWGFSQLFPIVPIHRLDEKPTMRGILSDLTCDSDGKVDKFIGGESSL PLHEIGSGDGGRYYLGMFLGGAYEEALGGLHNLFGGPSVVRVMQSDSPHS FA > Un bon alignement est proposé par Fasta entre la séquence P21170 et la séquence P49726. Utilisez prss pour vérifier avec 300 permutations aléatoires que cette ressemblance est largement significative. > Copiez/collez la séquence suivante dans le 2ème cadre sans les lignes de commentaires : sp P55709 Y4YA_RHISN HYPOTHETICAL 49.9 KDA PROTEIN Y4YA - Rhizobium sp. (strain NGR234). MTLHCQKIGHGLPPILRSATADLLTKYGPLLFDWAARHGSPLNLVWPDAL RENLAALKGVLTERRLEHAIYYGAKANKSPGLMQAALSAGAGLDVSSLYE LRDARRLGADGARLVATGPAKTSAFHQELINCNALISVDSPEELEDLIHG LPADAGQQSILLRLRPRDQSKSRFGMPPDAVVHCLARLAGEGRVRFDGLH FHLSGYRRETRVAALREAADLIAEARRMGFFPGMIDIGGGLPIQYVDRAR YKAHLAAQAPEDYRTGKIPDSFYPYGSTLSAADWLHRLLEAEMNQGRSVA GYLAREGLTLAMEPGRALADQAAITVFRISRVKALGPDSHVIFVEGSSFS ACETWFASEFLIDPILVPATKATVQLPPVRAYLAGHSCLDEDVISNRWLT FPTAPRAGDLLVYANTGGYQMDLLENEFHRHPMPARFCVIEDAEGRPNLV PDTIGEV > Refaites de même pour l'alignement entre P21170 et P55709. Concluez sur la significativité de ce second alignement.
Document modifié,
le
21 novembre, 2006
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