Analyse
bioinformatique des séquences
6. - L'analyse de séquences nucléiques
6.1 - Définition de "motif" et "pattern"
Dans la littérature, les motifs sont qualifiés en termes anglo-saxons de "pattern" ou de "motif".
Un "motif" est généralement un segment court, continu et non ambigu d'une séquence alors qu'un "pattern" a une structure plus complexe. Il est souvent composé de différents "motifs" qui peuvent être plus ou moins éloignés les uns des autres et sa définition peut comporter des exclusions ou des associations de "motifs".
C'est pourquoi, il est parfois nécessaire d'utiliser implicitement ou explicitement des opérateurs logiques tels que le OU, le ET ou le NON dans sa définition. On peut considérer très souvent qu'un "motif" est une séquence exacte ou peu dégénérée et qu'un "pattern" est une séquence dégénérée et/ou composée.
Dans ce cours nous emploierons le terme générique français motif pour désigner l'ensemble de ces définitions.
