Analyse bioinformatique des séquences

6. - L'analyse de séquences nucléiques
6.3 - Les différents types de motifs

La séquence génomique, une fois déterminée, ne représente que la donnée brute (on parle de "séquence anonyme") qu'il faut déchiffrer en utilisant une "grammaire" dans laquelle enhancers, promoteurs, exons, introns, 3'UTR, etc., se combinent selon des règles élucidées (d'une manière non définitive) par la biologie moléculaire (et la bioinformatique) pour constituer l'unité fonctionnelle qu'est le gène.
 
Selon l'origine de la séquence, procaryote ou génomique eucaryote, la méthodologie employée sera différente. Les problèmes posés par l'identification des gènes sont différents pour les génomes très peu denses des mammifères (5-10% de séquence "utile") ou pour les génomes microbiens ( >90% de séquence utile). Ces différences entraînent l'utilisation d'algorithmes distincts, dont la conception évolue à la lumière des progrès de la biologie moléculaire (comme la découverte d'un couplage fort entre la transcription, l'épissage, et la polyadénylation des ARNm).