Analyse bioinformatique des séquences

7. - L'analyse de protéines
7.1 - L'analyse physico-chimique

pHi
Définition
Le pHi est le pH isoélectrique d'une protéine, c'est à dire le pH auquel cette protéine a une charge nette nulle. Quand on se trouve au dessus de ce PH (à pH plus basique), la protéine est chargée négativement. Au dessous de ce pH (à pH plus acide), la protéine est chargée positivement.
Objectif de la détermination
On peut ce servir de cette propriété des protéines pour séparer un mélange de protéines, en les faisant migrer dans un gel contenant des ampholines, molécules qui créent un gradient de pH dans le gel. Lorsque la protéine arrive au pH correspondant à son pHi, sa charge nette est nulle, elle ne migre donc plus.

S'exercer avec Compute PI/MW

Profil d'hydrophobicité
Définition
L'hydrophobicité se définit comme un enchaînement dans une protéine d'acides aminés dont les résidus sont hydrophobes.
Objectifs de la détermination
La succession de zones d'hydrophobicité dans une protéine définit le profil d'hydrophobicité de la molécule. Ce profil permet de repérer par exemple des régions potentiellement transmembranaires de la protéine étudiée. En effet, les régions transmembranaires, compte tenu de la nature des membranes biologiques, sont nécessairement hydrophobes.

S'exercer avec PBIL