Analyse statistique du transcriptome

Analyse de variance: utilisation de GeneANOVA (création design)

Dans le tableau suivant, la colonne de gauche contient les requêtes de l'ordinateur et la colonne de droite contient les réponses qui doivent être fournies par l'utilisateur:

Nombre facteurs 3
Nom facteur1 lignée
Nom facteur2 année
Partionner les colonnes 2
Elément partition 1 A31 B31 C31 D31 E31 F31
Nom facteur3 lieux
Partitionner les colonnes 6
Elément partition 1 A31 A32
Elément partition 2 B31 B32
Elément partition 3 C31 C32
Elément partition 4 D31 D32
Elément partition 5 E31 E32
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ANOVA locale/globale globale
Ordre intéraction 2

Légendes:

La différence entre ANOVA locale (on fait ligne par ligne) ou globale (on fait tous le tableau) dépend du contexte. Faire une ANOVA locale à un sens quand on a des données issues de transcriptome ou une ligne du tableau correspond aux données pour un gène. Faire une ANOVA locale dans ce cas revient à traiter l'information gène par gène ce qui a un sens. Dans ce cas, on aura autant d'analyse de variance possible que de lignes dans le tableau de départ.

Ordre intéraction: dimension maximale des tableaux qui vont être analysés.

L'utilisateur notera qu'après la réalisation d'un design, il peut aller le vérifier, le corriger éventuellement dans le fichier correspondant et ce dans n'importe quel éditeur de texte.