Dans cette partie, nous vous présentons 4 (5 avec travail JLR ?), exemples de situations pour lesquelles l'analyse des données issues du transcriptome a nécessité des développements spécifiques.
I. Clermond ferrand : travail de yann sur une procédure de contrôle de la qualité des données issues des puces. Ce travail a été commandité par Laeticia qui travaille sur une maladie génétique du système nerveux cenral (SNC). Le problème a été solutionné grace a un travail ancien de Mathu qui travaillait à l'époque sur le comptage des poils sur les pattes des drosos !!!
II. Rennes: travail de Mélissandre qui possèdent des données de PCR quantitative à traiter.
III. Montpellier: travail de Darbon qui étudie 200 patients atteints cancer. Pour chaque patient, il dispose des données PCR d'une petite centaine de gènes. Il cherche une combinaison de gènes qui seraient spécifiques d'une nouvelle catégorie de cancer du sein (signature PCR).
IV. Brest (IFREMER): Travail dans le laboratoire de Mazurais, d'élodie qui a des données sur les huitres. Elle cherche les causes de la mortalité saisonnière (estivale) des jeunes huitres. Elle possède aujourd'hui pour environ 7000 gènes, les données à 5 dates différentes et ce pour une lignée resistante et pour une lignée sensible. Comment tirer profit au mieux de ces données malgrè un plan d'expérience mal approprié (il aurait fallu les données dans d'autres lieux ou la mortalité estivale ne se produit pas aux mêmes dates et aussi des données sur plusieurs années).
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de TOURS - GÉNET
Document modifié le
25 mars, 2010
