Plan d'expérience de la partie pratique

Dans ce travail nous utiliserons plusieurs séries de données, issues d'expériences différentes. Leur brève description est présentée ci-dessous:

• Expérience sur le métabolisme de la méthionine chez Bacillus subtilis.

Le plan d'expérience est décrit précisement dans l' article correspondant à cette étude . Une présentation plus détaillée du problème biologique (métabolisme de la méthionine chez B. subtilis) peut être trouvée dans l'article suivant: .

Vous pouvez télécharger les données nécessaires au travail et les sauvegarder sur votre ordinateur : données.

• Expérience sur la comparaison de 4 plates-formes techniques

Ce travail n'a pas donné lieu à publication donc nous allons rapidement décrire le plan d'expérience. 4 laboratoires ( I, II, III, IV) ont souhaité comparer leur données sur le transcriptome afin de savoir qui utilise le meilleur protocole. Les 4 laboratoires disposent tous du même matériel de départ, c'est à dire des mêmes tubes de RNAs et des mêmes clones pour les séquences. Le matériel de départ est constitué de 156 gènes d'Arabidopsis thaliana non pris au hasard: on notera X un premier tissu et Y un second, sachant que X et Y ont un profil d'expression très différent. Sur cette base, environ 1/3 de gènes typiques du profil de X ont été retenus, environ 1/3 de gènes typiques de Y et enfin 1/3 gènes pour lesquels l'expression dans X et dans Y est similaire.

Une fois les 156 gènes sélectionnés, leur expression a été analysé dans les conditions suivantes:

- 4 plates-formes I, II, III IV dont les caractéristiques sont les suivantes:

• I : fluorochromes R/V et Dye swap. On notera A et B ces deux conditions.
• II: fluorochromes R/V et Dye swap. On notera C et D des deux conditions
• III: fluorochromes R/V. On notera E cette condition.
• IV: radioactivité et répétition 2 fois de l'expérience. On notera F et G ces deux conditions.

Enfin, pour chaque gène, 2 dépots ont été réalisés.

- Deux tissus X et Y.

Au final, on dispose de 156 gènes pour lesquels on a pour chaque gène les conditions suivantes: AX, AY, BX, BY, ...... soit 14 combinaisons avec 2 dépots pour chaque gène donc 28 CONDITIONS EN TOUT (les indices 1 et 2 correspondent aux 2 dépots).

Vous pouvez télécharger les données nécessaires au travail et les sauvegarder sur votre ordinateur : données.

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Document modifié le 25 mars, 2010