Fluorescence 
Absorption d'énergie lumineuse par une molécule (fluorochrome)
Passage à l'état de Molécule excitée
Relaxation partielle avec perte de chaleur par échange avec le milieu ambiant
Retour à l'état fondamental par émission lumineuse ( de plus grande longueur d'onde que l'onde de stimulation) = spectre de fluorescence



Colorimétrie
Colorants : biotine, digoxygénine, fluorescéine
Exemple : l'ADN cible est fixé sur une membrane et les sondes sont biotinylées. La détection est réalisée par ajout d'un complexe streptavidine-HRP (HorseRadish peroxidase ou Péroxydase de Raifort), l'enzyme permettant l'oxydation d'un chromogène. La mesure du signal est réalisée par colorimétrie.

Chimioluminescence
La chimioluminescence se produit au cours d'une réaction chimique lorsque l'excès d'énergie est libérée sous forme de lumière.
De nombreuses réactions produisent ce phénomène et chacune émet une lumière de longueur d'onde spécifique, et d'intensité proportionnelle à la quantité de molécules réactives présentes.

Attention : ces sondes 'froides' présentent un problème de sensibilité et leur utilisation ne fait pas toujours l'unanimité.