Nomenclature des enzymes de restriction.
Les enzymes de restriction présentent une nomenclature bien précise. Leur nom comporte plusieurs lettres (3 ou 4). La première lettre de dénomination de l'enzyme est écrite en majuscule, elle correspond au genre de la bactérie d'où a été extraite l'enzyme. La seconde lettre et la troisième lettre (en minuscules) correspondent à l'espèce de la bactérie d'où l'enzyme est extraite. On peut avoir une quatrième lettre écrite en majuscule correspondant à la souche bactérienne. Enfin pour terminer, un chiffre romain indique l'ordre de caractérisation de ces enzymes.
Exemples:
Eco RI  Extraite de Escherichia coli RYB site reconnu : G / AATTC
Sma I  Extraite de Serratia marcescens site reconnu : CCC / GGG
Pst I  Extraite de Providencia stuartii site reconnu : CTGCA / G
 
Notion d'isoschizomères
Des enzymes de restriction différentes peuvent reconnaître des mêmes sites spécifiques, on les appelle isoschizomères. Les isoschizomères fournissent souvent après clivage enzymatique des fragments dont les extrémités sont différentes.

Exemple :
Soit la séquence suivante: GGTACC, cette séquence est coupée par l'enzyme Kpn I et l'enzyme Acc65 I :
Kpn I:
5'-G-G-T-A-C/C-3'
3'-C/ C-A-T-G-G-5'
Acc65 I:
5'-G/G-T-A-C-C-3'
3'-C-C-A-T-G/G-5'
Ces enzymes sont des isoschizomères, elles reconnaissent en effet la même séquence nucléotidique GGTACC. On voit tout de suite que les extrémités des fragments obtenus diffèrent.