Détermination des conditions de PCR

Cette étape est sûrement une des plus délicate de cet exercice et reste souvent difficile dans la pratique. Globalement le plus simple dans notre exemple est de réaliser un alignement multiple des gènes d’actines dans d’autres espèces proches d’insectes (drosophile, abeille), espèces pour lesquelles ces gènes sont déjà séquencés. En effet, nous vous avons rappelé que les gènes d’actine sont très conservés entre espèces. A partir de cet alignement multiple, vous déduirez plusieurs couples d’amorces que l’on peut envisager (voir le tableau proposé dans le texte de l’exercice).. Ensuite, un autre logiciel (Netprimer) vous permet de déterminer le meilleur couple en fonction de critères comme le Tm, la formation de structures secondaires,....

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Document modifié le 17 juillet, 2017