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Plusieurs critères entrent en compte pour définir le couple d’amorces le plus approprié :
A/ le Tm de chaque amorce : elle doit idéalement se situer entre 50 et 60
(jusqu’à 40 cela peut encore convenir) et surtout les Tm des 2 amorces
doivent être proches.
Rq : si le Tm est trop bas, on peut rallonger la taille des amorces car Tm
= f(% GC, taille).
B/ Minimisation de l’auto-appariement au sein de chaque amorce : Il faut éviter l’assemblage intra amorce avec formation de structures secondaire type en épingle à cheveux (hairpin).
C/ Minimisation de l’appariement au sein du couple d’amorce : en particulier, il ne faut pas du tout de possibilité d ‘assemblage entre les extrémités 3’.
Le tableau de résultats est le suivant:
| amorces | Tm | %GC | structures | Energie (kcal/mol) |
| A | 53.14 | 47.37 | 0 | |
| B | 73.48 | 70 | 1 hairpin; 6dimers | -9.69; -13.89 |
| C | 65.13 | 65 | 1 hairpin; 3dimers; 1run GGG | -0.69; -10.36 |
| D | 56.96 | 47.37 | 1 run AAA; 1 run GGGG | |
| Ebis | 55.24 | 50 | 1 dimer ; 1palindrome |
-7.82 |
| F | 44.56 | 47.06 | 1 dimer | -6.34 |
| G | 59.49 | 52.38 | 1 dimer 1palindrome; 1 run AAA |
-13.19 |
| (A,C) | 3 cross dimer | -13.66 | ||
| (A,D) | 1 cross dimer | -8.18 | ||
| (B,C) | 1 cross dimer 3' | -7.21 | ||
| (B,D) | 3 cross dimer | -8.64 | ||
| (Ebis,F) | 2 cross dimer 3' | -12.36 | ||
| (Ebis,G) | 4 cross dimer | -9.16 |
Aux vues de ces résultats, le couple le plus approprié semble être (A,D).
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Document modifié le
17 juillet, 2017