On considère comme préalable la constitution d'une banque de clones dans lesquels des fragments du génome ont été insérés.
Deux stratégies différentes sont utilisées pour la cartographie physique du génome humain (en tant que génome de grande taille) :

• L'approche chromosome-spécifique
  Elle consiste à ordonner les clones issus d'un chromosome pris isolément, de manière à limiter la complexité et l'ampleur de la tâche.
  Inconvénient : la purification du matériel génétique d'un chromosome donné n'est techniquement pas facile à réaliser.
   
• L'approche génome entier
  Cette approche nécessite plusieurs étapes d'ordonnancement :
  • Chaque clone doit être identifié individuellement.
  • Le clone doit être positionné sur le chromosome dont il est issu .
  • Les clones issus d'un même chromosome doivent être ordonnés entre eux.