La position du clone par rapport au chromosome dont il dérive doit être déterminée.
Celle-ci est définie grâce à deux techniques :

• Technique 1 : Utilisation d'hybrides somatiques monochromosomiques
  Permet d'identifier le chromosome humain dont provient un clone donné.
   
  Les hybrides de cellules somatiques ont été développés dans les années 1960, après la mise en évidence des phénomènes de fusion cellulaire spontanée et la mise au point de techniques d'induction (virus de Sendai, PEG). Ces hybrides résultent de la fusion de cellules primaires de l'espèce étudiée et d'une lignée établie de rongeur (souris ou hamster en général). Au cours de leur prolifération en culture, les clones de cellules hybrides perdent aléatoirement des chromosomes de la lignée primaire, alors que les chromosomes de rongeur sont conservés. Il est ainsi possible de créer une collection d'hybrides comportant chacun un jeu différent de chromosomes de la lignée primaire. Le nombre de chromosomes retenus est variable, en fonction de la durée de culture, et peut être réduit à un seul dans le cas d'hybrides monoporteurs, comme il en existe chez l'Homme ou le porc.
   
  Les clones de la collection d'hybrides sont analysés par tests d'expression enzymatique, hybridation de sondes, amplification PCR, etc, afin de définir tout d'abord des synténies, c'est-à-dire des groupes de locus conservés ou perdus ensemble et donc localisés sur le même chromosome.
  L'utilisation des hybrides somatiques permet ainsi d'assigner des locus à des chromosomes et éventuellement d'obtenir une localisation régionale si les hybrides ne contiennent qu'un fragment d'un chromosome et/ou si leur analyse caryotypique est réalisable.
   
• Technique 2 : FlSH
  Permet de déterminer la position du clone sur le chromosome.