Définition
Technique d'analyse quantitative et qualitative en série de l'expression génétique d'un grand nombre de transcrits. Elle consiste à réaliser un inventaire des transcrits (ARNm présents dans un échantillon de cellules, tissus ou organes et convertis en ADNc) en isolant à partir de chacun d'eux un courts fragments spécifiques de 9 à 14 pb appelés sequence tags. Tous les tags (jusqu'à une cinquantaine) sont ensuite concaténés en une longue séquence unique qui est séquencée, révélant ainsi l'identité de chaque tag (et donc du gène dont il est issu). En générant ainsi un grand nombre de séquences à partir d'un échantillon donné, il est possible de mesurer la fréquence des différents tags (= mesure quantitative du profil d'expression).

Principe
La méthode SAGE, extension logique du séquencage par EST, consiste à réaliser un inventaire des transcrits au moyen de courts fragments d'ADNc de 9 à 14 pb appelés sequence tags.
Dans un premier temps, un pool d'ADNc est synthétisé à partir des ARNm d'un échantillon (cellules, tissus, organes...). Un traitement enzymatique permet ensuite d'isoler à partir des extrémités 3' de chacune des molécules d'ADNc, une courte séquence unique : le tag dont la taille est suffisante pour pouvoir identifier le gène dont elle dérive. Tous les tags (jusqu'à une cinquantaine) sont ensuite concaténés pour former un fragment d'ADN qui puisse être manipulé et finalement séquencé. Les gènes, à l'origine des tags, peuvent alors être identifiés par comparaison de la séquence avec les banques.
En faisant un grand nombre de séquences, il est possible de mesurer la fréquence des différents tags dans un échantillon donné. En comparant les données issues de plusieurs échantillons, on peut donc avoir une idée du profil d'expression d'un grand nombre de gènes.
Toutefois, cette technique n'est pas adaptée à l'étude de nombreux échantillons et de transcrits rares. De plus, elle requiert l'existence de bases de données de séquences génomiques complètes pour les espèces étudiées.
La méthode SAGE a déjà fait l'objet d'applications chez l'homme, la levure et les plantes.