Recherche de motifs définis par l'utilisateur (PatternN)

Utilisez le logiciel PatternN (http://bioinfo.hku.hk/services/analyseq/cgi-bin/patternn_in.pl) pour rechercher dans la séquence inconnu.tfa si il existe des sites de type SD (Shine-Dalgarno). Vous utiliserez le langage à base d'expressions régulières pour en décrire le motif consensus caractéristique ( AGGAGG).

Conclusion de l'exercice 1: Si vous avez réussi toutes les étapes, vous avez dû obtenir une protéine potentielle. A ce stade, il y a deux solutions. Soit vous arrêtez, soit vous poursuivez cette fois avec l'analyse de la protéine « hypothétique » que vous avez obtenue. Afin de garder l'indépendance des deux exercices, nous vous donnons accès à cette séquence protéique dans l'introduction de l'exercice 2.

© Université de TOURS - GÉNET
Document modifié le 9 septembre, 2005