Exercises de bio-informatiqueExercice 2 :
Analyse d'une séquence de protéine hypothétique
Introduction
La séquence à étudier est issue de la traduction automatique de la séquence
nucléotidique inconnu.seq.
L'existence d'une telle protéine dite « hypothétique » ainsi que
sa fonction ou son activité potentielle doivent toujours être confirmées
par d'autres analyses qu'un simple logiciel de prédiction de régions codantes.
In fine, ce seront les expériences biologiques qui permettront de valider
les hypothèses proposées par l'analyse bioinformatique et de tirer des
conclusions définitives sur cette éventuelle protéine. Ceci étant toutes les
informations que l'analyse bioinformatique fournit sont des pistes capitales
pour savoir quelles expériences mettre en place pour caractériser définitivement
la protéine.
Pour la séquence protéique, il s'agit de répondre aux questions suivantes :
Quelles sont les caractéristiques physico-chimiques
de la protéine étudiée ?
Existe-il des protéines similaires
dans les banques de données et si oui quelles informations apporte l'interrogation
de ces banques ?
La protéine contient-elle des motifs
ou domaines particuliers qui permettent de mieux comprendre
sa nature et son rôle ?
Quel est le degré de conservation
de cette séquence avec celles d'autres organismes et peut on obtenir des informations
sur l'évolution des gènes correspondants ?
Pour chaque étape, vous disposez dans le cours « analyse
bio-informatique des séquences », des liens vers les sites proposant
les logiciels dont vous aurez besoin et surtout d'un petit exercice corrigé
permettent de vous familiariser avec l'emploi de chacun de ces logiciels.
N'hésitez pas en cas de difficulté avec un logiciel à vous replonger dans
ces petits exercices d'application.
Si vous avez fait l'exercice 1, poursuivez avec votre fichier inconnu.prot.
sinon cliquer ici,
pour obtenir la protéine « hypothétique » sur laquelle vous allez
travailler dans ce second exercice.
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L'existence d'une telle protéine dite « hypothétique » ainsi que
sa fonction ou son activité potentielle doivent toujours être confirmées
par d'autres analyses qu'un simple logiciel de prédiction de régions codantes.
In fine, ce seront les expériences biologiques qui permettront de valider
les hypothèses proposées par l'analyse bioinformatique et de tirer des
conclusions définitives sur cette éventuelle protéine. Ceci étant toutes les
informations que l'analyse bioinformatique fournit sont des pistes capitales
pour savoir quelles expériences mettre en place pour caractériser définitivement
la protéine.
