V. Recherche de régions codantes et analyse de la structure du gène

Maintenant que vous avez déjà des hypothèses sur la fonction et l'origine de la séquence, l'analyse de la séquence primaire se poursuit avec la recherche d 'éléments biologiquement intéressants qu'elle est susceptible de contenir.

Recherche phase ouverte de lecture (Utilisation de orf finder)

 Une première recherche simple pour savoir si la séquence inconnu.tfa contient des phases ouvertes de lecture potentielle. Utilisez orf finder (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html )  qui vous donnera une première indication sur le caractère codant ou non de la séquence en cours d'analyse.

Combien obtenez vous d'orf ?
Le critère de taille vous permet-il de choisir la ou lesquelles de ces orfs sont à conserver pour de plus amples analyses ?

Analyse de la structure du gène (Utilisation de grail)
Si l'étape précédente tend à montrer que inconnu.tfa présente les caractéristiques d'une séquence codante, utilisez grail( http://grail.lsd.ornl.gov/grailexp/ ) afin d'étudier plus finement cette partie codante. Utilisez les résultats de comparaison de séquences pour choisir l'organisme modèle qui peut servir de référence pour analyser inconnu.tfa.

Point2 :

Notez vos conclusions sur votre cahier d'expérience. Lorsque vous avez terminé, vous pouvez consulter notre commentaire afin de vérifier le bon déroulement de votre réflexion.

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Document modifié le 8 janvier, 2008