Utilisation de PSI-Blast

Pour affiner les résultats, on peut opter pour une comparaison itérative, ceci étant possible grâce à la version PSI-Blast .
Comparez donc la séquence inconnu.prot avec la banque nr version protéine en utilisant le logiciel PSI-Blast  (http://www.ebi.ac.uk/Tools/psiblast/). Afin de limiter le nombre de résultats, vous vous limiterez à 3 itérations.

Obtenez vous de nouvelles séquences similaires à inconnu.prot ? Une itération supplémentaire apporterait-elle des informations supplémentaires significatives ?

Les résultats que vous avez obtenus avec les différentes versions de Blast vous permettent-ils de faire des hypothèses sur l'origine (prok/euk) et/ou la fonction de votre séquence ?

Aux vues des résultats obtenus avec Blast, vous parait-il justifié d'utiliser Fasta en complément ?

Point5 :

Notez vos conclusions sur votre cahier d'expérience. Lorsque vous avez terminé, vous pouvez consulter notre commentaire afin de vérifier le bon déroulement de votre réflexion.

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Document modifié le 28 juin, 2010