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4. - La manipulation des données 4.2 - Les formats 4.2.3 - Les formats spécifiques de séquences multiples [suite] > Fichier MSF (Multiple Sequence Format) Le fichier MSF (Multiple Sequence Format) contient plusieurs séquences dans un fichier. Il est issu d'un alignement multiple produit par les programmes PileUp, LineUp -MSF et reformat -MSF de GCG. Pour spécifier les séquences du fichier MSF dans un programme de GCG, on utilise la syntaxe suivante : aligned.msf{*} *: toutes les séquences du fichier MSF ou aligned.msf{rna1,rna2} liste des noms de séquences du fichier MSF cytc.seq MSF: 104 Type: N January 01, 1776 12:00 Check: 1595 .. Name: ccho Len: 104 Check: 8847 Weight: 1.00 Name: cchu Len: 105 Check: 3247 Weight: 1.00 Name: cccz Len: 104 Check: 9501 Weight: 1.00 // ccho GDVEKGKKIF VQKCAQCHTV EKGGKHKTGP NLHGLFGRKT GQAPGFTYTD cchu MGDVEKGKKI FIMKCSQCHT VEKGGKHKTG PNLHGLFGRK TGQAPGYSYT cccz GDVEKGKKIF IMKCSQCHTV EKGGKHKTGP NLHGLFGRKT GQAPGYSYTA ccho ANKNKGITWK EETLMEYLEN PKKYIPGTKM IFAGIKKKTE REDLIAYLKK cchu AANKNKGIIW GEDTLMEYLE NPKKYIPGTK MIFVGIKKKE ERADLIAYLK cccz ANKNKGIIWG EDTLMEYLEN PKKYIPGTKM IFVGIKKKEE RADLIAYLKK ccho ATNE cchu KATNE cccz ATNE |
