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4. - La manipulation des données 4.2 - Les formats 4.2.3 - Les formats spécifiques de séquences multiples [suite] > Format PHYLIP Deux formats de base sont proposés. Dans les 2 cas, la 1ère ligne du fichier doit contenir le nombre de séquences suivi du nombre de sites (= nombre de positions) par séquence. Les séquences doivent être préalablement alignées : elles ont donc toutes la même taille. Le nom de chaque séquence doit figurer dans les 10ères colonnes de la ligne. Les séquences peuvent contenir ou non des espaces. 1- Format intercalé (= "interleaved") 5 42 Turkey AAGCTNGGGC ATTTCAGGGT Salmo gairAAGCCTTGGC AGTGCAGGGT H. SapiensACCGGTTGGC CGTTCAGGGT Chimp AAACCCTTGC CGTTACGCTT Gorilla AAACCCTTGC CGGTACGCTT GAGCCCGGGC AATACAGGGT AT GAGCCGTGGC CGGGCACGGT AT ACAGGTTGGC CGTTCAGGGT AA AAACCGAGGC CGGGACACTC AT AAACCATTGC CGGTACGCTT AA 2- Format séquentiel Les séquences se suivent (dans leur totalité) les unes après les autres. 5 42 Turkey AAGCTNGGGC ATTTCAGGGT GAGCCCGGGC AATACAGGGT AT Salmo gairAAGCCTTGGC AGTGCAGGGT GAGCCGTGGC CGGGCACGGT AT H. SapiensACCGGTTGGC CGTTCAGGGT ACAGGTTGGC CGTTCAGGGT AA Chimp AAACCCTTGC CGTTACGCTT AAACCGAGGC CGGGACACTC AT Gorilla AAACCCTTGC CGGTACGCTT AAACCATTGC CGGTACGCTT AA |
