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4. - La manipulation des données 4.2 - Les formats 4.2.3 - Les formats spécifiques de séquences multiples [suite] > Fichier RSF (Rich Sequence Format file) de GCG Le fichier RSF contient une ou plusieurs séquences, enrichies en annotations : poids de la séquence, auteurs, features etc ... Ce fichier est créé sous l'éditeur multiple de SeqLab de GCG. Il est possible de convertir un fichier MSF en fichier RSF par la commande Reformat -MSF de GCG. Par défaut, le fichier RSF aura l'extension .rsf. Si ce fichier contient plusieurs séquences, pour spécifier le traitement de l'une d'entre elle, il suffira de mentionner son nom entre {} (EX: opsin.rsf{opsf_human}). Pour traiter toutes les séquences du fichier, on notera nom_fic.rsf{*} (EX: opsin.rsf{*}). opsf.rsf{*human*} spécifiera toutes les séquences dont le nom contient human etc ... !!RICH_SEQUENCE 1.0 ! En-tête obligatoire .. ! Le fichier doit commencer par .. { name chkhba ! Attributs (noms, type, description ...) type DNA longname chkhba checksum 980 creation-date 4/15/98 16:42:47 strand 1 sequence ! La séquence doit être précédé du mot-clé séquence ACACAGAGGTGCAACCATGGTGCTGTCCGCTGCTGACAAGAACAACGTCAAGGGCATCTT CACCAAAATCGCCGGCCATGCTGAGGAGTATGGCGCCGAGACCTTGGAAAGGATGTTCAC CACCTACCCCCCAACCAAGACCTACTTCCCCCACTTCGATCTGTCACACGGCTCCGCTCA ... } { name davagl type DNA longname davagl checksum 7399 creation-date 4/15/98 16:42:47 strand 1 sequence GTGCTCTCGGATGCTGACAAGACTCACGTGAAAGCCATCTGGGGTAAGGTGGGAGGCCAC GCCGGTGCCTACGCAGCTGAAGCTCTTGCCAGAACCTTCCTCTCCTTCCCCACTACCAAA ... } |
