Analyse bioinformatique des séquences

S'exercer avec PSI-BLAST

> Connectez vous à http://www.ncbi.nlm.nih.gov puis cliquez sur le bouton BLAST.

> Choisissez Advanced BLAST Search dans la rubrique BLAST 2.1.

> Copiez/collez la séquence suivante dans le cadre sans les lignes de commentaires :

>sp P14942 GTA3_RAT GLUTATHIONE S-TRANSFERASE 8 (EC 2.5.1.18)
(GST 8-8) (CHAIN 8) (GST CLASS-ALPHA) - Rattus norvegicus (Rat).
MEVKPKLYYFQGRGRMESIRWLLATAGVEFEEEFLETREQYEKLQKDGCL
LFGQVPLVEIDGMLLTQTRAILSYLAAKYNLYGKDLKERVRIDMYADGTQ
DLMMMIIGAPFKAPQEKEESLALAVKRAKNRYFPVFEKILKDHGEAFLVG
NQLSWADIQLLEAILMVEEVSAPVLSDFPLLQAFKTRISNIPTIKKFLQP
GSQRKPPPDGHYVDVVRTVLKF

> Comparez avec BlastP la séquence P14942 à la banque Swiss-Prot.

> Sauvegardez les résultats dans P14942.blastp

> Choisissez ensuite PSI-BLAST 2.1 .
Refaites la comparaison en utilisant PSI-Blast entre P14942 et la banque Swiss-Prot.
Sauvegardez les résultats dans P14942.psi.
Comparez les résultats obtenus avec Blastp et PSI-Blast.