Analyse
bioinformatique des séquences
5. - La comparaison de séquences
5.6 - Le logiciel BLAST
Les qualités de l'algorithme [suite]
Deux nouveaux venus dans Blast : PSI-Blast et PHI-Blast
> PSI-Blast
PSI-Blast (= blastpgp) (Position Specific Iterated Blast) donne la
possibilité de relancer itérativement Blast sur les séquences résultats : pour chaque nouvelle itération, celles-ci sont traduites en un "profil" (= consensus matérialisé par une matrice) qui est recherché à son tour sur la banque choisie initialement. Les itérations s'arrêtent lorsqu'il y convergence, c'est à dire lorsque les séquences résultats de l'itération n sont identiques à celles de l'itération
n-1.
Illustration PSI-Blast
> PHI-Blast
PHI-Blast (Pattern Hit Initiated Blast) : à partir d'une séquence protéique donnée et d'un pattern spécifique (expression régulière) contenu dans cette séquence, PHI-Blast recherche dans une banque protéique les séquences
homologues en utilisant le pattern comme ancrage pour l'alignement.
S'exercer avec BLAST
S'exercer avec PSI-BLAST
